1. PRC2调控胚胎发育中Hox基因簇在体节上的区域化表达
Hox基因簇含13个Hox基因，它们在基因组上依次排列，排列顺序与其表达顺序是一致的。以胚胎发育中的体节为例，靠近头部的体节表达Hox1，靠近尾部的体节表达Hox13。这是如何实现的呢？
推测在一个母细胞中，PRC2将Hox基因簇组织成染色质高级结构，MLL结合Hox1，在Hox1位点上，组蛋白H3K27me3和H3K4me3甲基化修饰同时存在，其它Hox基因位点上只有组蛋白H3K27me3甲基化修饰。
母细胞第一次染色质极性分裂，原来的(H3-H4)2分布到母细胞中，Hox1位点维持组蛋白H3K27me3和H3K4me3甲基化修饰，继续招募PRC2和MLL；子细胞染色质上的(H3-H4)2是新合成的，Hox1位点的组蛋白只发生H3K4me3甲基化修饰，所以子细胞中，Hox1位点只招募MLL，Hox1基因得以表达。其它Hox基因位点上，母细胞和子细胞都是组蛋白H3K27me3甲基化修饰，招募PRC2。
分裂结束的母细胞中，RBP2结合Hox1位点，催化H3K4me3去甲基化，MLL移动到Hox2位点，使Hox2位点组蛋白同时含有H3K27me3和H3K4me3甲基化修饰，Hox1位点组蛋白只含有H3K27me3甲基化修饰。
为什么RBP2能使MLL从Hox1移动到Hox2？
这由RBP2-PRC2-MLL复合体中蛋白的位置决定，RBP2可能靠近Hox1一侧，使MLL向Hox2移动。在染色质极性分裂中，PRC2-MLL复合体的蛋白位置同样决定了新合成的(H3-H4)2只发生H3K4me3甲基化修饰，DNA复制时，PRC2-MLL的空间位置使新合成的(H3-H4)2只能接触到MLL，接触不到PRC2。
母细胞第二次染色质极性分裂，就产生了表达Hox2的子细胞，以此类推，母细胞产生分别表达Hox1到Hox13的子细胞，通过推倒多米诺骨牌的方式，实现Hox基因簇中基因的排列顺序与表达顺序一致。
2. PRC1调控上皮干细胞分化中谱系决定因子基因的依次表达
上皮组织和间充质组织（含表达特定Hox基因的成纤维细胞，即fibroblast）之间，由基膜（basement membrane）相连。
上皮干细胞中，待表达的谱系决定因子基因由canonical PRC1组织在一起形成PcG (Polycomb Group) body，Bmi1（PCGF4，Polycomb Group RING Finger 4）将PRC1彼此相连，位于边缘的PRC1率先解开而表达。不表达的谱系决定因子基因由non-canonical PRC1抑制，不形成PcG body。
静态干细胞分裂，一个继续保持静态，另一个经过增殖形成前体细胞，或叫transit-amplifying cells，期间谱系决定因子基因形成的PcG bodies结构不变。
前体细胞接受分化信号后，第一个位于边缘的谱系决定因子基因解开而表达，Bmi1随之脱离，此时前体细胞分裂产生功能细胞1；当前体细胞再次接受分化信号，第二个位于边缘的谱系决定因子基因解开表达，前体细胞分裂产生功能细胞2；大部分谱系决定因子离开后，PcG body结构消失，前体细胞直接分化成功能细胞3。
功能细胞寿命较短，定期凋亡脱落，由干细胞和前体细胞不断补充更新。
3. 染色质极性分裂
PRC2，MLL，RBP2调控Hox基因簇的多米诺式表达，需借助染色质极性分裂，即(H3-H4)2在DNA复制时的极性分布：原来的(H3-H4)2分布到母细胞中，新合成的(H3-H4)2分布到子细胞中。
当Hox基因位点同时结合MLL和PRC2时，组蛋白含有H3K4me3和H3K27me3两种修饰，DNA复制时，母细胞的组蛋白维持原有的两种修饰，而子细胞中新合成的组蛋白只获得了H3K4me3修饰，这样子细胞中Hox基因只招募MLL，获得表达机会，母细胞中招募MLL和PRC2，RBP2使MLL向下一个Hox基因移动，实现Hox基因簇的多米诺式表达。
当Hox基因位点只含有PRC2时，子细胞和母细胞的Hox基因位点都只具有H3K27me3一种修饰，都招募PRC2。
4. Bmi1与Rb，HDAC
基因在细胞核内的分布有自己的区域，形成细胞核的区域化（nuclear compartmentalization）。
在上皮组织的干细胞中，canonical PRC1将特定的谱系决定因子基因组织在一起，形成PcG body， Bmi1调控PcG body中谱系决定因子基因的依次表达。其他的谱系决定因子基因由non-canonical PRC1持久抑制，不形成PcG body。
被抑制的功能基因集中在核纤层关联域（LAD: lamin-associated domain），而表达的功能基因则形成转录工厂（transcription factory）。上皮组织的功能细胞中，谱系决定因子协同SWI/SNF，Pol II，Myc将功能基因组织在一起，形成转录工厂，不表达的功能基因由HP1持久地锚定在核纤层关联域，待表达的功能基因由Rb，HDAC暂时地锚定在核纤层关联域。
Bmi1与Rb，HDAC相似，都是暂时抑制基因的表达，只是Bmi1在PcG body中调控谱系决定因子基因，而Rb和HDAC在核纤层关联域中调控功能基因。
5. 间充质与上皮
Hox基因簇在间充质细胞中的多米诺式表达，需要PRC2将Hox基因簇组织成染色质高级结构，MLL率先结合Hox1，染色质极性分裂后，产生表达Hox1的子细胞。母细胞中，RBP2使MLL从Hox1移动到Hox2，再次染色质极性分裂产生表达Hox2的子细胞。以此类推，依次产生表达Hox1到13的子细胞。
间充质细胞中Hox的表达模式使与之结合的上皮细胞走向特定的分化方向，产生干细胞，形成基膜，自身转化为维持Hox基因表达的成纤维细胞。
上皮干细胞中，canonical PRC1将谱系决定因子基因（lineage determination factor）组织成染色质高级结构（PcG body），分化过程中，位于边缘的谱系决定因子基因逐一离开，获得表达机会，依次分化出功能细胞。功能细胞定期凋亡脱落，由干细胞不断产生新的前体细胞的功能细胞补充。